Åndelig vejledning har rødder langt tilbage i kristendommens historie. Allerede i oldkirken søgte mennesker råd hos erfarne kristne, munke og ørkenfædre og -mødre, som hjalp dem til at skelne mellem forskellige indre bevægelser, fristelser og længsler. I klostertraditionen blev åndelig vejledning en vigtig del af det kristne liv, hvor samtale, skriftemål, bøn og fælles liv hjalp mennesker til at vokse i tro og livsmod.
I middelalderen blev åndelig vejledning ofte knyttet til præster, skriftefædre og klostre. Senere, især gennem den ignatianske tradition fra 1500-tallet, fik vejledningen en mere systematisk form med fokus på bøn, livsvalg og skelnen. I nyere tid er åndelig vejledning igen blevet udbredt, også uden for klostre og kirkelige embeder, som en samtaleform for mennesker, der søger mening, tro, fordybelse og retning i livet.